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Fish diversity and ecology (DEP)
Contexte et objectifs généraux

      L’objectif global de l’équipe DEP est de mieux comprendre et prédire l’évolution de la biodiversité des poissons dans les écosystèmes côtiers, afin de mieux anticiper son érosion due au changement global et aux pressions anthropiques croissantes. Cela engage des approches pluridisciplinaires et intégratives, avec des recherches à différents niveaux d’organisation biologique. Les trois objectifs de recherche sont :

  • D’appréhender les mécanismes qui régissent la diversité intraspécifique, et leurs conséquences sur la productivité et la résilience des espèces.
  • De tisser des liens entre les niveaux intra- et inter-spécifiques, avec des analyses comparatives permettant d’évaluer l’adaptabilité des espèces face aux changements globaux, et les implications pour la biodiversité et la structure fonctionnelle des communautés
  • De mieux comprendre l’influence de la structure fonctionnelle des communautés et des assemblages sur les processus écologiques à l’échelle biogéographique.

Pour cela, l’équipe dispose de compétences en biogéochimie, biogéographie, biologie des populations, biostatistiques, écologie fonctionnelle, écophysiologie, écotoxicologie, génétique, génomique macroécologie et zootechnie. Le savoir faire et les outils zootechniques disponibles à la Station Ifremer de Pisciculture Experimental à Palavas, et les installations d’écophysiologie à la Station Méditerranéenne de l’Environnement Littoral a Sète, permettent de tester des hypothèses d’écologie expérimentale difficilement réalisables in situ. La question fondamentale des interactions entre les activités aquacoles, l’écologie et la diversité des poissons dans les écosystèmes côtiers est abordée en collaboration avec les autres équipes de l’UMR. 

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Epinephelus marginatus 		 Image
Parablennius gattorugine

otolith de mugil cephalus
otolith de Mugil cephalus

L’équipe DEP s’attache aussi à apporter des avancées conceptuelles qui dépassent le cadre de l’ichtyologie, en proposant des approches en modélisation liant le changement global, la modification des assemblages d’espèces et le fonctionnement des écosystèmes marins côtiers. 

Publications 2011


  • Albouy C, Guilhaumon F, Villéger S, Mouchet M, Mercier L, Culioli JM, Tomasini JA, Le Loc'h F and Mouillot D (2011). Predicting trophic guild and diet overlap from functional traits:statistics, opportunities, and limitations for marine ecology. Marine Ecology Progress Series  436 : 17-28.
  • Brehmer P, Do Chi T, Laugier T, Galgani F, Laloë F, Darnaude AM, Fiandrino A, Mouillot D (2011). Field investigations and multi-indicators for shallow water lagoon management: conservation, practice and perspective. Aquatic Conservation: Marine and Freshwaters Ecosystems In Press
  • Coll M, Piroddi C, Albouy C, Ben Rais Lasram F, Cheung WWL, Christensen V, Karpouzi VS, Guilhaumon F, Mouillot D, Paleczny M, Palomares ML, Steenbeek J, Trujillo P, Watson R, Pauly D (2011). The Mediterranean Sea under siege: spatial overlap between marine biodiversity, cumulative threats and marine reserves. Global Ecology and  Biogeography In Press
  • Gravel D, Massol F, Canard E, Mouillot D, Mouquet N (2011). Trophic theory of island biogeography. Ecology Letters 14 : 110-116.
  • Guilhaumon F, Basset A, Barbone E, Mouillot D (2011). Species-area relationships as a tool for the conservation of benthic invertebrates in Italian coastal lagoons. Estuarine, Coastal and Shelf Science In Press
  • Guilhaumon F, Krasnov BR, Poulin R, Shenbrot GI, Mouillot D (2011). Latitudinal mismatches between the components of mammal-flea interaction networks. Global Ecology Biogeography In Press
  • Killen SS, Marras S, McKenzie DJ (2011). Fuel, fasting, fear: Routine metabolic rate and food deprivation exert synergistic effects on risk-taking in individual juvenile European sea bass. Journal of Animal Ecology 80: 1024–1030
  • Killen SS, Marras S, Steffensen JF, McKenzie DJ (2011). Aerobic capacity influences the spatial position of individuals within fish schools. Proceedings of the Royal Society B doi: 101098/rspb20111006 on line / in press
  • Killen, SS, Marras, S, Ryan, M, Domenici, P, McKenzie, DJ (2011)  A relationship between metabolic rate and risk-taking behaviour is revealed by hypoxia in juvenile sea bass. Functional Ecology in press
  • Krasnov BR, Mouillot D, Shenbrot GI, Khokhlova IS and Poulin R (2011)- Beta-specificity: the turnover of host species in space and a way to measure host specificity.  International Journal for Parasitology 41: 33–41
  • Krasnov BR, Poulin R and Mouillot D (2011). Scale-dependence of phylogenetic signal in ecological traits of ectoparasites. Ecography 34: 114-122
  • Lauzeral C*, Leprieur F*,  Beauchard O, Duron Q, Oberdorff T and Brosse S (2011). Identifying climatic niche shifts using coarse-grained occurrence data: a test with non-native freshwater fish. Global Ecology and Biogeography 20: 407-414 (co-premiers auteurs)
  • Leclere J, Oberdorff T, Belliard J and Leprieur F (2011). A comparison of modeling techniques to predict juvenile 0+ fish species occurences in a large river system. Ecological Informatics 6: 276-285
  • Leprieur F, Tedesco P, Hugueny B, Beauchard O, Dür H, Brosse S and Oberdorff T (2011). Partitioning global patterns of freshwater fish beta diversity reveals contrasting signatures of past climate changes. Ecology Letters 14:  325–334
  • Marras S, Killen SS, Domenici P, Claireaux G, McKenzie DJ (2011).  Is the teleost fast-start escape response a stable individual trait?  An evaluation in juvenile European sea bass.  Journal of Experimental Biology 214: 3102-3110
  • Maurice CF, Mouillot D, Bettarel Y, de Wit R, Sarmento H, Bouvier T (2011) Disentangling the relative influence of environment, bacterial phylogeny and metabolism on lysogeny. The ISME Journal 5: 831-842
  • McKindsey CW, Archambault P, Callier M, Olivier F (2011).  Influence of suspended and off-bottom mussel culture on the sea bottom and benthic habitats: a review. Canadian Journal of Zoology 89: 622-646
  • Mercier L, Darnaude A, Bruguier O, Vasconcelos RP, Cabral HN, Costa MJ, Lara M, Jones DL and Mouillot D (2011). Statistical models and chemical elements combinations for optimal accuracy in fish origin classification by otolith microchemistry. Ecological Applications 21(4):1352-1364
  • Mercier L, Panfili J, Paillon C, N'Diaye A, Mouillot D and Darnaude AM (2011)- Otolith reading and multi-model inference for improved estimation of age and growth in wild gilthead seabream (Sparus aurata L) .Estuarine, Coastal and Shelf Science 92: 534-545
  • Mercier L, Darnaude AM, Bruguier O, Vigliola L, Mouillot D (2011). Multi-element otolith fingerprints unravel Sea-lagoon lifetime migrations of the gilthead sea bream (Sparus aurata L) Marine Ecology Progress Series In Press
  • Meynard CN, Devictor V, Mouillot D, Thuiller W, Jiguet F and Mouquet N  (2011). Beyond taxonomic diversity patterns: how do alpha, beta and gamma components of functional and phylogenetic diversity respond to environmental gradients across France? Global Ecology and  Biogeography 20 : 893-903.
  • Mouchet M and Mouillot D (2011). Decomposing the phylogenetic entropy into alpha, beta and gamma components. Biology Letters 7: 205–209
  • Mouchet M, Bouvier C, Bouvier T, Troussellier M, Mouillot D (2011). Genetic difference but functional similarity among fish gut bacterial communities through molecular and biochemical fingerprints. FEMS Microbial Ecology In Press
  • Mouillot D, Albouy C, Guilhaumon F, Ben Rais Lasram F, Coll M, Devictor V, Meynard CN, Pauly D, Tomasini J-A, Troussellier M, Velez L, Watson R, Douzery EJP and Mouquet N (2011). Protected and threatened components of fish biodiversity in the Mediterranean Sea. Current Biology 21: 1044-1050 
  • Mouillot D, Villéger S, Scherer-Lorenzen M and Mason NWH (2011). Functional structure of biological communities predicts ecosystem multifunctionality. PLos One 6(3): e17476
  • Münkemüller T, de Bello F, Meynard CN, Gravel D, Lavergne S, Mouillot D, Mouquet N, Thuiller W (2011). From diversity indices to community assembly processes. Ecography In Press
  • Pommier T, Douzery EJP, Mouillot D (2011). Environment drives high phylogenetic turnover among oceanic bacterial communities. Biology Letters In Press
  • Poulin R, Guilhaumon F, Randhawa HS, Luque JL and Mouillot D (2011). Identifying hotspots of parasite diversity from species-area relationships: host phylogeny versus host ecology. Oikos 120:740–747
  • Poulin R, Krasnov BR and Mouillot D (2011). Host specificity in phylogenetic and geographic space. Trends in Parasitology doi:101016/jpt201105003 - on line / in press
  • Poulin R, Krasnov BR, Mouillot D, Thieltges DW (2011). The comparative ecology and biogeography of parasites. Philosophical Transactions of the Royal Society of London B 366: 2379–2390
  • Rocklin D, Tomasini JA, Culioli JM, Pelletier D, Mouillot D (2011) Regulation of recreational activities in a multiple-use marine protected area benefits artisanal fisheries PLos One In Press
  • Shen K-N, Jamandre B W Hsu C-C, Tzeng W-N and Durand J-D (2011)- Plio-Pleistocene sea level and temperature fluctuations in the northwestern Pacific promoted speciation in the globally-distributed flathead mullet Mugil cephalus. BMC Evolutionary Biology 11:83
  • Tedesco PA, Leprieur F, Hugueny B, Brosse S, Dürr H, Beauchard O, Busson F and Oberdorff T (2011). Patterns and processes of global riverine fish endemism. Global Ecology and Biogeography In Press
  • Thiaw M, Gascuel M, Thiao D, Thiaw OT, Jouffre D (2011). Analyzing environmental and fishing effects on a short-lived species stock: the dynamics of octopus population, Octopus vulgaris, in the Senegalese waters. African Journal of Marine Science In Press
  • Tine M, McKenzie DJ, Bonhomme F and Durand J-D (2011). Salinity-related variation in gene expression in wild populations of the black-chinned tilapia from various West African coastal marine, estuarine and freshwater habitats. Estuarine, Coastal and Shelf Science, 91: 102-109
  • Torrente-Villara G, Zuanon JAS, Leprieur F,  Oberdorff T and Tedesco P (2011). Effects of natural rapids and waterfalls on fish assemblage structure in the Madeira River (Amazon Basin). Ecology of Freshwater Fish 20: 588-597.
  • Trape S and Durand J-D (2011). First record of Mugil capurrii (Mugilidae, Perciformes) in the Gulf of Guinea.Journal of Fish Biology 78: 937-940
  • Villéger S, Novack-Gottshall P and Mouillot D (2011). The multidimensionality of the niche reveals functional diversity changes in benthic marine biotas across geological time. Ecology Letters 14: 561–568
  • Villéger S, Ferraton F, Mouillot D, De Wit R (2011). Nutrient recycling by coastal macro-organisms: intra vs interspecific differences and consequences for ecosystem functioning. Marine Ecology Progress Series In Press

 
 
Organigramme
Responsable McKenzie D.
Personnels permanents Aliaume C.
Blancheton J-P.
Callier M
Darnaude A.
Durand J-D.
Fauvel C.
Jouffre D.
Leprieur F.
Mouillot D.
Panfili J.
Przybyla C.
Tomasini J-A.
Vidy G.
Personnels non permanents
 De Borteli J.
 Ferraton F.
 Velez L.
Doctorants Albouy C.
Bender M.
D'Agata S.
Escalas A.
Ndiaye A.
Novikov D.
 Siraut C.
 Tournois J.
 
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